No censual organizado pelo Bispo D. Pedro entre 1085 e 1091 a freguesia vem referida como Sancto Pelagio de Villa Verde.
Esta freguesia vem referida nas inquirições de 1220 de Afonso II como Sancto Pelágio de Principaes (São Paio dos Principais).
O nome provirá da Lenda dos Principais, que conta que: estando o Castelo de Faria sobre domínio muçulmano e sobre assédio de cristãos, os habitantes desta freguesia juntaram os seus rebanhos e colocaram velas nos chifres das cabras, seguindo depois caminho para Barcelos o que motivou a percepção entre os muçulmanos que estavam a chegar reforços cristãos em peso e, como tal, decidiram abandonar assim o castelo.
